Het bestuur van Kerkpunt is verantwoordelijk voor de organisatie. Het dagelijkse bestuur is gedelegeerd aan de directeur. In de praktijk betekent dit dat het bestuur beleidsplannen, begroting en jaarrekening vaststelt. De bestuursleden sparren met de directeur over ontwikkelingen in kerk en samenleving en welke consequenties dat heeft voor het werk van Kerkpunt. Dit zijn de bestuursleden:
Pim Boven, voorzitter. Pim is lid van het College van Bestuur van de TUKampen en vice-voorzitter van de kerkenraad van de Kruispuntgemeente in Amersfoort Vathorst.
Ruud Knieriem, secretaris. Ruud is IT Manager bij De Nederlandsche Bank, actief voor de ChristenUnie in Utrecht en aldaar lid van de Opstandingskerk (GKv).
Gert Kers, bestuurslid financiën. Gert is accountant en werkt bij de Belastingdienst, Grote ondernemingen.
Albert Balk. Albert is predikant van de NGK Amersfoort-Noord. Daarvoor heeft hij in drie GKv-gemeentes gewerkt.
Co Beukema. Co werkte mee aan volkshuisvesting en stedelijke ontwikkeling en is nu zelfstandig mantelzorgmakelaar. Namens de 3G-kerken is zij lid van het landelijk bestuur van SchuldHulpMaatje.
Gerbram Heek. Gebram is predikant van de Fonteinkerk in Buitenpost (GKv) en was daarvoor predikant van de Veenhartkerk in Mijdrecht.
Johan Lammers. Johan is ondernemer en directeur- eigenaar van de Lammers Support Group gespecialiseerd in training, coaching en events. Hij is vijf jaar voorzitter geweest van de diaconie van de Tabernakelkerk in Apeldoorn en vele jaren bestuurslid van Present in Apeldoorn. Nu is hij voorzitter van Stichting Williams.